- Rei Ayanami
Rei Ayanami (Ayanami Rei 綾波レイ, Rei Ayanami?) é a Primeira Criança, designada como piloto do Evangelion Unidade 00, a unidade protótipo. Logo à primeira vista se nota que existe algo misterioso a respeito da garota.
Sempre quieta e contemplativa, Rei só se abre quando conversa com o Comandante Ikari. Eventualmente ela também desenvolve um relacionamento (que desafia quem tenta descrevê-lo) com Shinji, sacrificando-se perto do final da série para poupá-lo do ataque de um Anjo, pelo fato de ter descoberto que o amava.
- Asuka Langley Soryu
Asuka Langley Souryuu (Souryuu Asuka Ranguree 惣流・アスカ・ラングレー, Asuka Langley Souryuu?) é a Segunda Criança, designada para pilotar o Evangelion Unidade 02, a primeira unidade de produção. Ao contrário de Rei, introspectiva e calada, Asuka tem uma atitude auto-confiante, expansiva e barulhenta, e procura se importante aonde quer que vá.
Ela tenta provar seu valor sendo a melhor piloto de Evangelion que existe. Mas essa máscara de confiança esconde uma personalidade frágil e insegura.
- Shinji Ikari
Shinji Ikari (Ikari Shinji, 碇シンジ?) é o personagem principal. Inseguro e complexado, tem a tendência de se afastar das pessoas por temer a mágoa da separação. Sofre do chamado "Complexo do Porco-Espinho" (taijin kyofusho), que faz com que seu comportamento seja paradoxal, ao mesmo tempo ansiando pela proximidade das pessoas, e evitando essa mesma proximidade com medo de se machucar. É a Terceira Criança, designado como piloto do Evangelion Unidade 01, a unidade de testes.
É filho do comandante Gendo Ikari com Yui Ikari, uma das pesquisadoras-chefe do Projeto Eva. Presenciou o desaparecimento da própria mãe em 2004, durante um experimento com o Evangelion, mas era muito novo para lembrar do ocorrido.
Shinji Ikari é abandonado pelo seu pai e acaba vivendo com seu professor (sensei) até seus 14 anos.
É convocado pela NERV e chega exatamente durante o ataque do 3º Anjo, passa a morar com sua superiora Misato Katsuragi por não ter um bom relacionamento com o seu pai.
No mangá ele tem uma personalidade ligeiramente diferente do anime, sendo menos depressivo e mais ativo.
- Gendo Ikari
Gendo Ikari (Ikari Gendo 碇ゲンドウ, Gendo Ikari?) tem um passado misterioso, e tem como tática manipular quem quer que seja, da maneira que for necessária, para atingir seus objetivos.
Ele é o Comandante da NERV, sob ordens diretas do comitê SEELE, os arquitetos do Projeto de Instrumentabilidade Humana.
Gendo tem como principal objetivo rever Yui. E ao contrário que muitas pessoas pensam, Gendo ama Shinji mas tem medo de feri-lo. Por isso ele "rejeita" Shinji e se torna mais afetivo com Rei Ayanami.
- Misato Katsuragi
Misato Katsuragi (Katsuragi Misato 葛城ミサト, Misato Katsuragi?) é a comandante de operações da NERV, responsável por todas as unidades Evangelion a serviço da NERV. Ela é a tutora de Shinji, e logo no primeiro episódio da série leva Shinji para morar em seu apartamento ao descobrir que ele moraria sozinho.
Ela é o mais próximo que Shinji chega de ter uma família durante a série, uma vez que Gendo, pai dele, o rejeita. Mais tarde, Misato também admite em seu apartamento Asuka, a Segunda Criança, o que gera tensões devido à radical diferença de personalidade entre os três.